L'intégrité scientifique est définie comme l'ensemble des règles et des valeurs qui doit régir les activités de recherche pour en garantir le caractère honnête et rigoureux. Ses enjeux portent sur toutes les pratiques de production et de diffusion des connaissances. Elle est essentielle non seulement au bon fonctionnmenet des communautés scientifiques, à la robustesse et à la fiabilité des connaissances produites, mais également à la pérennité de la confiance des citoyens à l'égard de la science. En France comme à l'international, un encadrement institutionnel et légal de la recherche s'est progressivement constitué, incitant tous les acteurs du monde de la recherche à exercer de manière rigoureuse leur responsabilité d'autorégulation. Cet ouvrage rappelle les principes essentiels de l'intégrité scientifique et les enjeux de leur respect, ainsi que le rôle que chaque acteur de la recherche doit y jouer.
J'ai contribué à cet ouvrage en rédigeant un chapitre sur l'évolution récente du contexte et du paysage de la recherche scientifique, qui a pu exposer ses acteurs à des écarts aux valeurs de l'intégrité scientifique.
Marianne Alunno-Bruscia, Christian Duquennoi, Philippe Goulletquer, Estelle Jaligot, Antoine Kremer, Stephanie Ruphy, Françoise Simon-Plas. 2023. Une recherche responsable: L'intégrité scientifique.
Editions Quae. 63 pages. ISBN: 978-2-7592-3717-3
Le numéro 4 (Mai 2020) de la revue New Phytologist comprend une section spéciale dédiée à la Génomique des chênes. C'est à l'initiative de Christophe Plomion et de Francis Martin que la revue a publié ce numéro spécial deux ans après la publication du génome de Quercus robur (Plomion et al., 2018 ). Après une introduction par Christophe et Francis, la numéro réunit au total 10 articles sur ce sujet, dont 7 co-écrits par des scientifiques de notre groupe à BIOGECO, travaillant sur Q. robur et Q. petraea (voir ci-dessous). Ces articles sont principalement issus des projets GENOAK et TREEPEACE traitant de génomique et de microévolution. Entre autres faits saillants, ce numéro met en exergue la reconstruction phylogénétique la plus complète du genre Quercus (Hipp et al., 1198-1212) et montre pour la première fois comment l'introgression entre chênes a favorisé l'adaptation à de nouveaux environnements (Leroy et al., 1171- 1182).
Bartholomé J, Brachi B, Marçais B, Mougou-Hamdame,... et al. 2020. The genetics of exapted resistance to two exotic pathogens in pedunculate oak. New Phytologist 226 : 1088-1103 (pdf)
Cannon CH, Petit RJ 2020. The oak synganeom: more than the sum of its parts. New Phytologist 226 : 978-983 (pdf)
Hipp AL, Manos PS, Hahn M, Avishai M,.. et al. 2020. The genomic landscape of the global oak phylogeny. New Phytologist 226 : 1198-1212 (pdf)
Kremer A, Hipp AL 2020. Oaks : an evolutionary success story. New Phytologist 226 : 987-1011 (pdf)
Leroy T, Louvet JM, Lalanne C, Le Provost G, Labadie K, Aury JM, Delzon S, Plomion C, Kremer A 2020. Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks. New Phytologist 226 : 1171-1182 (pdf)
Leroy T, Rougemont Q, Dupouey JL, Bodénès C, Lalanne C, Belser C, Labadie K, Le Provost G, Aury JM, Kremer A, Plomion C 2020. Massive postglacial gene flow between European white oaks uncovered genes underlying species barriers. New Phytologist 226 : 1183-1197 (pdf)
Leroy T, Plomion C, Kremer A 2020. Oak tree symbolism in the light of genomics. New Phytologist 226 :1012-1017 (pdf)
Les brassages planétaires font débat. Les diverses migrations qu’ils recouvrent sont un trait fondamental des sociétés et des milieux vivants, à travers l’histoire ; mais leur apparente accélération contemporaine suscite des réactions fortes, souvent hostiles. Cet ouvrage part de plusieurs intuitions : le caractère intellectuellement fructueux d’explorer tout à la fois les migrations humaines, végétales et animales. La nécessité de faire le point sur ces brassages, de mettre à plat les arguments qui s’échangent et l’intérêt de creuser le parallèle entre les différentes migrations, ne serait-ce que pour en vérifier –ou non- le bien fondé, en mesurer la portée et les limites. Ce faisant, esquisser l’espace d’une construction intellectuelle et politique assumée des brassages planétaires.
Patrick Moquay & Véronique Mure (coordonnateurs)
Brassages planétaires. Jardiner le monde avec Gilles Clément
Hermann éditeurs. 266 pages. ISBN 979 1 0370 0357 7
Kremer A. Brassages génétiques, diversité et adaptation. p. 105-111
Clément G., Coccia E., Kremer A., Tassin J., Thiery S. Migrer, une condition d’existence du vivant. p.249-251
Quelles forêts lèguerons-nous aux générations futures ? Sauront-elles répondre à toutes les attentes qu’en espèrent nos sociétés ? Pourront-elles satisfaire à ces sollicitations externes tout en assurant leur propre pérennité ? Quelle qu’en soit l’origine, ces interrogations traduisent l’intérêt que l’homme porte aujourd’hui aux forêts, et les enjeux que représentent ces formations végétales dans les équilibres écologiques et économiques de nos sociétés. « Forêts cultivées », « forêts de plantation », « forêts industrielles », « forêts anthropisées », « forêts naturelles », tous ces qualificatifs fréquemment attribués aux forêts actuelles d’Aquitaine reflètent l’empreinte plus ou moins forte de l’homme dans leur usage, si ce n’est leur exploitation. Ils montrent également à quel point, et sous l’action de l’homme, les forêts se sont diversifiées. Le singulier « forêt » n’a plus de raison d’être et cette diversification suggère déjà des formes nouvelles que l’avenir et ses incertitudes pourraient susciter. A leur propre rythme, passé et actuel, les forêts sont en mouvement et leurs mutations deviennent désormais perceptibles à nos propres échelles de temps. En comprendre la vitesse et les mécanismes, pour prédire leur évolution future devient une question et un défi de la recherche. Les obstacles biologiques souvent invoqués en matière de recherche sur les arbres et les forêts deviennent ici des atouts. Leur longévité autorise des approches rétrospectives pour reconstruire dans leur bois, leur cernes leur mémoire du passé. C’est cette trajectoire entre forêts du passé, forêts actuelles et forêts de demain qui est reconstituée dans cet ouvrage au travers de celle des recherches menées depuis 50 ans en Aquitaine.
Arbez M, Carnus JM, Kremer A (ed.) 2017. Forêts d'hier et de demain. 50 ans de recherche en Aquitaine. Presses Universitaires de Bordeaux, LGPA Editions. 250 pages
ISBN:979-10-300-0046-7
Presses Universitaires de Bordeaux
33607 Pessac Cedex
Tout a commencé en 2006, lorsque vingt-cinq universités et instituts de recherche de quinze pays européens ont uni leurs forces pour créer EVOLTREE comme réseau d'excellence européen. EVOLTREE a pour objectif d'associer quatre disciplines majeures (l'écologie, la génétique, la génomique et l'évolution) pour répondre aux défis écologiques auxquels sont confrontées les forêts européennes, tels que les changements environnementaux et l'érosion de la biodiversité. Financé durant les quatre premières années par l'Union Européenne dans le cadre du 6ème programme-cadre, le réseau EVOLTREE a mis en place les infrastructures expérimentales ainsi que les ressources physiques et électroniques (bases de données) pour mener des recherches au niveau du continent Européen. Désormais autofinancé (sur la base des contributions financières de certains partenaires et des contributions "en nature" d'autres partenaires), EVOLTREE a été intégré à l'Institut Européen Forestier (EFI).
Ce livre contient une sélection de 10 articles parmi les 165 répertoriés sur le Web of Science qui ont été financés par EVOLTREE. Il décrit également les principales infrastructures physiques et électroniques et autres ressources et initiatives mis à disposition par le réseau EVOLTREE. Il a été publié à l'occasion du 10 ième anniversaire d'Evoltree.
Kremer A, Hayes S, Gonzalez-Martinez SC (eds) 2016 Evolution of trees and communities: Ten years of the Evoltree Network. GP editions-Bordeaux, 192 pages
ISBN: 978-2-9519296-3-9
INRA- UMR BIOGECO
69 Route d'Arcachon 33612 Cestas France
Au début des années 2010 la Région Aquitaine a sollicité la communauté scientifique dans son ensemble pour faire l'état des lieux des connaissances acquises sur l'impact du changement climatique dans la Région. Plus de 370 chercheurs ont contribué à cette synthèse, qui s'est concrétisée par la publication de deux volumes successifs en 2013 et en 2018. Le premier volume s'intéresse plus aux impacts connus et à leurs effets, alors que le second évoque les mesures anticipatives qui peuvent être prises pour s'adapter au changement climatique. Le second volume se place dans le cadre de l'extension territoriale qui a eu lieu entre la rédaction des deux ouvrages. La structure des deux ouvrages va de l'analyse des grands enjeux relatifs au changement climatique à l'étude sectorielle des impacts. J'ai moi même contribué aux travaux du comité de rédaction et ait coordonné et rédigé un chapitre relatif au secteur forêt dans chaque ouvrage.
Les forêts dans l'ouvrage de 2013
Après avoir rappelé l’importance écologique et économique des forêts en Aquitaine, ce chapitre fait une revue des effets déjà visibles des changements globaux sur les forêts. Il est souvent difficile d’attribuer les effets observés aujourd’hui au seul changement climatique. L'accélération de la croissance de certaines essences, l'avancée de la date de débourrement des arbres et leur migration sont les manifestations les plus tangibles des effets des changements environnementaux en cours. Ces tendances sont amenées à se renforcer même si l'évolution de la productivité pourrait présenter des disparités géographiques fortes au cours des décennies à venir. Le changement climatique augmentera l’exposition des forêts à des risques phytosanitaires et physiques (feux, sècheresse), à l’émergence de pathosystèmes nouveaux. Des politiques de gestion adaptative sont envisagées avec l’objectif d’améliorer la résilience des peuplements forestiers, ou de renforcer les mécanismes d’adaptation des espèces aux changements environnementaux. Les forêts offrent également des opportunités d’atténuation des effets du changement climatique, qui résident dans leurs capacités de stockage de carbone in situ dans les sols et la biomasse et de substitution par les produits forestiers du carbone fossile utilisé dans différents autres secteurs (énergie, construction..)
Les forêts dans l'ouvrage de 2018
Ce chapitre s’interroge sur ce que seront les forêts de demain en Nouvelle-Aquitaine dans le contexte du changement climatique, et sur les attentes des pouvoirs publics et des propriétaires forestiers : Quelles espèces peupleront nos forêts ? Faut-il s’attendre à de profonds changements dans leur composition ? Comment l’action humaine peut-elle accompagner cette transition de composition ? Il met l’accent sur les actions anthropiques permettant de maintenir et de renouveler les espèces autochtones, et il s’interroge sur l’introduction passée et future d’espèces exotiques pour anticiper les exigences adaptatives imposées par le changement climatique. Dans une seconde partie sont traitées les politiques préconisées par l’Union Européenne et la France dans le domaine forêt- bois, pour ce qui concerne leur adaptation au changement climatique et leur rôle dans son atténuation. Enfin, cette seconde partie évoque également les attentes des propriétaires forestiers privés face au changement climatique, à la suite d’une enquête réalisée auprès d’eux sur ce sujet.
Le Treut H. et coll. 2013 Les impacts du changement climatique en Aquitaine. Presses Universitaires de Bordeaux, LGPA éditions, 370 pages.
ISBN: 978-2-86781-874-5
Le Treut H. et coll. 2018 Anticiper les changements climatiques en Nouvelle Aquitaine pour agir dans les territoires. Editions Région Nouvelle-Aquitaine. 486 pages. ISBN: 978-2-9564516-0-0
Le chêne est l’arbre gascon par excellence. Pour en faire la démonstration, Chantal Armagnac et Jean-Bernard Laffitte, nous conduisent du piémont pyrénéen aux dunes atlantiques jusqu’au couloir de la Garonne, partout où le chêne venu d’Espagne, a conquis des espaces très divers. Outre les documents d’archives puisés dans les bibliothèques d’amis forestiers, Chantal Armagnac a recueilli de précieux témoignages auprès de nombreux corps de métiers, bûcherons, charpentiers, bateliers, naturalistes, bouviers, tonneliers pour mettre en évidence les liens étroits tissés entre le chêne et les communautés humaines depuis des millénaires.
J’ai contribué à cette aventure en rédigeant la préface du livre. Je m’y hasarde à une comparaison insolite des trajectoires évolutives de l’homme et du chêne, en m’interrogeant sur leur stratégies qui ont contribué à leur succès sur notre planète. Au vu des récits de Chantal Armagnac et de l’histoire des deux espèces, on pourrait sans conteste conclure que l’homme a plus gagné à être partenaire du chêne, que le chêne à être partenaire de l’homme. Les temps futurs seront peut être plus difficiles pour les chênes, et les opportunités ne devraient pas manquer d’exprimer notre reconnaissance aux chênes.
Chantal Armagnac, Jean-Bernard Laffitte 2008
Le chêne arbre, arbre roi de Gascogne
Editions « Le vert en l’air », 160 pages
ISBN 978-2-9525398-1-4
Les éditeurs de ce livre ont fait une synthèse des principales utilisations des marqueurs moléculaires dans la gestion des ressources naturelles. Le livre est non seulement destiné aux scientifiques, mais aussi aux practiciens, à tous ceux en charge de la conservation des espèces et des populations. Ils ont organisé une conférence en octobre 2008 au John S Wright Forestry Center (Purdue University, Indiana, USA) à laquelle les auteurs du livre ont été invités à présenter leurs travaux.
C'était l'occasion de faire une revue sur l'évolution de la différenciation génétique des chênes européens au cours de l'Holocène, en rassemblant les connaissances accumulées en paléobotanique et en génétique des populations. Cette revue met l'accent sur l'adaptation rapide des chênes, malgré leur faible taux d'évolution au niveau des gènes. En effet, et comme le suggèrent les recherches théoriques, le rythme de la différenciation est déterminé par le niveau de la diversité génétique et les flux de gènes. Cette revue montre en effet comment l'interaction entre le flux de gènes et les pressions de sélection accélère le taux de différenciation, en créant des associations alléliques favorables entre les gènes contribuant aux traits liés à la valeur adaptative. Les associations alléliques intergéniques sont à l'origine de la différenciation rapide, et elles expliquent le maintien d'une forte différenciation phénotypique dans les populations de chênes, telle qu'on peut l'observer dans les tests de provenances. Il est probable que ces mécanismes ont eux mêmes été sélectionnés durant l'alternance des périodes glaciaires et interglaciaires, facilitant ainsi la l'adaptation rapide aux milieux durant la recolonisation. La façon dont ces mécanismes agissent et agiront aujourd'hui dans le contexte des changements climatiques mérite d'être étudiée pour comprendre l'évolution future des forêts
De Woody A., Bickham JW, Michler CH, Nichols KM, Rhodes OE, Woeste KE (eds) 2010. Approches moléculaires dans la conservation et la gestion des ressources naturelles (en anglais). Presses de l'Universite de Cambridge. 374 pages. ISBN 978-0-521-51564-1
Kremer A., Le Corre V., Petit RJ, Ducousso A. 2010. Dynamique historique et contemporaine de la différenciation adaptative dans les chênes européens (en anglais). pp 101-116
Les constructions de cartes génétiques des arbres ont commencé au début des années 1980 avec l'accès aux premiers marqueurs génétiques comme les isoenzymes. Ces cartes ont été continuellement densifiées avec l'avènement des marqueurs moléculaires (ADN) et leur multiplication, suivant les progrès réalisés en génétique humaine. Ce livre édité par Chittaranjan Kole en 2006 fait une revue des cartes génétiques chez les arbres forestiers et leur application dans la génétique et l'amélioration des arbres forestiers. Huit chapitres sont consacrés aux peupliers, pins, épicéas, eucalyptus, fagacées, noyer noir, sapin de Douglas et Cryptomère du Japon.
Cette opportunité nous a permis de mettre à jour les cartes disponibles chez les Fagacées, sur le châtaignier, le hêtre et le chêne. J'ai coordonné et co-rédigé cette revue sur les Fagacées, dont les premiers travaux avaient commencé dans les années 1990. Cette revue comprend également une partie consacrée à la caomparaison des cartes entre les trois genres.
Le chapitre sur les Fagacées comprend 4 sections
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Construction de cartes génétiques
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Cartographie comparée entre Quercus, Castanea et Fagus
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Des gènes cartographiés dans les chênes et les châtaigniers
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Détection de QTL
Kole Ch. (ed) 2007. Cartographie du génome et sélection chez les plantes. Arbres forestiers. Volume 7. Springer Verlag. 232 pages (en anglais) ISBN 978-3-540-34540-4
Kremer A., Casasoli M., Barreneche T., Bodénès C., Sisco P., Kubisiak T., Scalfi M., Leonardi S., Bakker EG, Buiteveld J., Romero-Severson J., Arumuganathan K., Derory J., Scotti-Saintagne C., Roussel G., Bertocchi ME, Lexer C., Porth I., Hebard F., Clark C., Carlson J., Plomion P., H. Koelewijn et Villani F. 2007. Fagacées: cartographie génétique comparative chez les Fagacées. pp 161-187
C'est un endroit idéal pour ajouter un slogan.
Au début des années 1990, le département Forêts de l'INRA a initié un projet de recherche pour étudier le niveau, la distribution et la dynamique de la diversité génétique des arbres tropicaux en Guyane française. On disposait de peu de connaissances à l'époque dans le monde tropical, alors que les résultats sur les arbres tempérés devenaient juste disponibles. Le projet avait pour objectif d' identifier les déterminants écologiques et biologiques de la diversité génétique en milieu tropical. Une quinzaine d'espèces présentant des traits d'histoire de vie contrastés (pollen et dispersion des graines, phénologie de floraison, succession, répartition spatiale, etc.) ont été échantillonnés au début comme support expérimental au projet. Ces espèces étaient toute présentes dans le dispositif d'observation à long terme de Paracou, près de Kourou. Pour chaque espèce, le niveau et la distribution spatiale de la diversité ont été décrits à partir des marqueurs génétiques disponibles à l'époque. En même temps les observations sur la phénologie des arbres, leur floraison, leur systèmes de reproduction, ont également été faites. En 2004, à l'occasion de la publication de ce livre, nous avons fait une synthèse sur les connaissances acquises dans le cadre de ce projet. J'ai contribué à la mise en place du laboratoire de génétique à Kourou et au projet de recherche sur la diversité génétique des arbres forestiers en Guyane française, avec Henri Caron et Eric Bandou. Le Cirad a également rejoint le projet peu de temps après le démarrage. Dans ce livre, j'ai fourni un aperçu du projet et co-écrit la revue sur la distribution de la diversité génétique dans 10 espèces.
Gourlet-Fleury S., Guehl JM, Laroussinie O. (eds) 2004. Ecologie et gestion d'une forêt tropicale. Elsevier. 308 pages. (en anglais) ISBN 2-84299-455-8
Krtemer A., 2004. La diversité génétique des essences forestières en Guyane française. p147-148. (en anglais)
Caron H., Bandou E., Kremer A. 2004 Évaluation de la diversité génétique des arbres tropicaux dans les peuplements de Paracou à l'aide de marqueurs génétqiues multilocus. p160-171. (en anglais)
Ce numéro spécial de "Forest Ecology and Management" rassemble les manuscrits des 16 conférenciers invités à la conférence DYGEN organisée au Parlement européen à Strasbourg en 2002. La conférence a été lieu alors que les résultats sur la distribution de la diversité génétique des arbres à l'échelle européenne étaient publiés à l'issue des projets de recherche soutenus par l'Union Européenne dans les premiers programmes-cadres. L' objectif de la conférence était de faire un lien entre recherche fondamentale en génétique des populations et l' application des résultats en conservation et gestion des forêts.
Kremer A., Reviron MP 2004. Dynamique et conservation de la diversité génétique dans les écosystèmes forestiers. Écologie et gestion des forêts, Volume 197, numéro 1-3, 338 pages
Quelles sont les contributions relatives de l'histoire évolutive, des processus génétiques et des dynamiques démographiques à la distribution actuelle de la diversité génétique chez les arbres? Cette question est au centre des préoccupations scientifiques et appliquées en génétique des populations. Traditionnellement, ces questions sont traitées par des modèles théoriques analytiques considérant des scénarios évolutifs simplifiés. Les simulations informatiques permettent d'étendre ces prédictions à des situations plus compliquées. Enfin, les prédictions issues des travaux théoriques et des simulations peuvent être confrontées à des inventaires génétiques menés dans des populations naturelles à l'aide des marqueurs génétiques, nucléaires et cytoplasmiques.
Une conférence organisée à Kourou (Guyane française) en 2000 a réuni des chercheurs utilisant ces différentes approches pour partager leurs résultats. Des comparaisons ont été faites entre les attentes théoriques, les simulations informatiques et les résultats expérimentaux, qui sont réunies dans ce livre.
Degen B., Loveless MD, Kremer A. (eds) 2002. Rechercches théoriques et expérimentales sur les mécanismes génétiques dans les forêts tropicales et tempérées (en anglais). Empraba Amazonia Oriental. 198 p. ISBN 85-87690-14-0.
Gerber S., Mariette S., Streiff R., Bodénès C. Kremer A. Utilisation comparée des microsatellites et les marqueurs AFLP pour les études de parenté chez les chênes (en anglais). p 69-77
Le Corre V., Kremer A. Evolution des populations naturelles d'arbres forestiers en réponse à la sélection naturelle: différenciation attendue des traits adaptatifs et de leur gènes sous jacents (en anglais). p 102-108
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Ce numéro spécial de "Forest Ecology and Management" est entièrement consacré à la distribution paneuropéenne de la diversité chloroplastique des chênes blancs européens. Ces travaux, fruits de l'effort collectif de 13 laboratoires, ont été menés dans le cadre du projet FAIROAK soutenu par la Commission Européenne. L'inventaire génétique a été complété par les données palynologiques, extraites de la base de données européenne des pollens fossiles. L'analyse conjointe des données génétiques et palynologiques a permis de reconstruire les voies de migration postglaciaires des chênes. Le numéro spécial comprend 4 articles génériques et 9 articles régionaux traitant de la distribution locale et régionale des haplotypes chloroplastiques.
Kremer A. (ed.) 2002. Distribution paneuropéenne de la diversité chloroplastique et des pollens fossiles chez les chênes blancs européens: inférences sur les voies de recolonisation et implications sur la gestion des ressources génétiques des chênes (en anglais). Forest Ecology and Management 156, Vol 1-3, 224 pages.
Les années 1990 ont connu un développement continu et intensif de nouveaux marqueurs moléculaires à la suite des progrès faits en biologie moléculaire et notamment la découverte de la PCR. La biologie et la génétique des populations s'est emparée de ces progrès pour la description de la diversité biologique. l'Unité Biotechnologie de la DG Recherche à L'Union européenne a soutenu plusieurs projets sur le thème générique "Outils pour l'inventaire génétique des populations". Ce livre est le fruit des laboratoires qui ont contribué à développer ces méthodes et qui ont participé à ces projets. Il est destiné à une communauté très large rassemblant des chercheurs et practiciens en biologie de la conservation, taxonomie, évolution, gestion des populatios, sélection artificielle, et applications industrielles. Le livre comprend cinq parties: Extraction d'ADN, Méthodes d'analyses d'ADN, Sources de sondes et de primers, Analyse des données et Exemples d'étude. J'ai contribué au chapitre sur l'analyse des données, où nous décrivons les méthodes d'estimation de la diversité et de la différenciation génétique, au niveau allélique et nucléotidique.
Karp A., Isaac P.G., Ingram D.S. 1998. Outils moléculaires pour l'analyse de la biodiversité. Plantes et animaux (en anglais). Chapman & Hall. 498 pages. ISBN 0 412 63830 4
Kremer A., Petit R.J., Pons O. Mesures du polymorphisme intra et interpopulationel (en anglais). p 299-311
L'accessibilité à très grand nombre de marqueurs moléculaires dans les années 1990 a bouleversé les perspectives dans de nombreux domaines de la recherche en génétique. Ce livre aborde les nouvelles questions que les marqueurs permettaient d'explorer en génétique quantitative, en génétique évolutive, et des populations et en sélection. La version originale française du livre a été publiée en 1998 et une mise à jour en version anglaise a été publiée en 2003. J'ai mis l'accent sur l'application des marqueurs moléculaires à la génétique des populations, en abordant la question de la mesure de la diversité et de l'estimation empirique des flux de gènes. Dans la version mise à jour, une analyse comparative des mesures de différenciation faite avec les différents marqueurs disponibles à l'époque a été effectuée
De Vienne D. (ed) 2003. Marqueurs moléculaires en génétique et biotechnologies végétales. Éditeurs scientifiques 236 pages.ISBN 1 57808 239 0
Kremer A., Mariette S. 2003. Marqueurs moléculaires en génétique des populations. p 125-149
La plupart des chapitres de ce volume sont les textes des conférences invitées présentées lors de la 4e Consultation internationale sur la génétique forestière de l'IUFRO qui a eut lieu à Pékin en Aout 1998. Quelles ont été les motivations de cette conférence? Comme l'a déclaré Csaba Matyas, éditeur du livre, il était opportun de s'interroger sur les apports de la génétique forestière aux problèmes forestiers globaux à l'échelle planétaire. Pour C. Matyas, l'humanité est en face de quatre grands défis, qui ont des implications dans le domaine forestier:
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épuisement catastrophique des ressources naturelles, dont les ressources forestières
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pénurie aiguë du bois de chauffage dans les pays du Sud
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menaces environnementales pour les forêts des régions industrialisées
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impacts imminents des changements climatiques.
Nous avons placé notre contribution dans le contexte des pressions sélectives exercées sur les forêts et sur leur capacité adaptative, Nous avons présenté nos premiers résultats concernant la prédiction de la différenciation des traits adaptatifs, par rapport à leurs gènes sous-jacents, en utilisant une approche de simulation. Ces prévisions ont ensuite été comparées aux valeurs issues des tests de provenance.
Matyas, C. (éd.) 1999. Génétique forestière et durabilité (en anglais) Kluwer Academic Publisher. 288 pages. ISBN 0-7923-6011-7
Kremer A., Le Corre V., Mariette S. Différenciation des populations pour les caractères adaptatifs et leurs loci sous-jacents chez les arbres forestiers: prédictions théoriques et résultats expérimentaux (en anglais). p 59-75
Ce numéro spécial des Annales des Sciences Forestières comprend des présentations faites lors de la première conférence du groupe de travail IUFRO "Génétique des chênes". Malgré leur importance économique et sociale et leur distribution dans l'hémisphère Nord, les chênes étaient peu étudié à cette époque au niveau génétique. Les objectifs de la conférence étaient de faire un état des lieux des connaissances acquises sur la génétique des chênes, de présenter les projets de recherche en cours dans différents pays et de débattre des sujets controversés. La conférence et les actes ont été divisés en 5 sections: taxonomie et variation interspécifique, hybridation et reproduction sexuée, variation intraspécifique, multiplication végétative, et amélioration génétique des arbres.
J'ai coordonné les activités du groupe de travail "Génétique des chênes" et l'organisation de la conférence. Ce fut aussi l'occasion de faire le point sur nos premiers résultats concernant la répartition de la diversité génétique chez les chênes européens sur la base des isozymes, et les tout premiers résultats avec des marqueurs ADN.
Kremer A., Savill PS, Steiner KC 1993. Génétique des chênes (en anglais). Annales des Sciences Forestières 50, Suppl 1, 1-472
Kremer A., Petit RJ 1993 Diversité génétique dans les populations naturelles de chênes (en anglais). Annales des Sciences Forestières, 50, Suppl 1, 186s-202s
Daubree JB, Kremer A. 1993. Différenciation génétique et phénologique entre les populations introduites et naturelles de Quercus rubra L. (en anglais) Annales des Sciences Forestières, 50, Suppl 1, 271s-281s
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Ce livre offre l'une des toutes premières revues sur la diversité génétique des arbres forestiers à l'échelle européenne et basée sur les marqueurs génétiques et moléculaires disponibles à la fin des années 80 (terpènes, isozymes, RFLPs). Il réunit les textes des présentations invitées à un atelier organisé en 1990 à l'Université de Göttingen. Après quelques articles méthodologiques relatifs aux techniques de marquage, plusieurs articles font le point sur la distribution de la diversité chez des espèces feuillues (hêtre, chênes, châtaigniers) et chez les conifères (épicéa commun, sapin, pin sylvestre et pin maritime). Le livre se termine par deux applications des techniques de marquage en amélioration génétique.
Nous avons fait une analyse comparative de la distribution de la diversité génétique au niveau nucléaire et cytoplasmique, et montré pour la première fois le contraste de la différenciation génétique des populations à ces deux niveaux.
Müller-Starck G., Ziehe M. 1991. Variation génétique des populations européennes d'arbres forestiers (en anglais). Sauerländer's Verlag. 271 p. ISBN 3-7939-0790-2
Kremer A., Petit RJ, Zanetto A., Fougère V, Ducousso A, Wagner D, Chauvin C Diversité génétique nucléaire et cytoplasmique chez Quercus robur et Q. petraea (en anglais). p 141-167
Le chêne rouge d'Amérique ( Quercus rubra L.) a été introduit en Europe à la fin du 17 ième siècle et a été très largement planté depuis sur tout le continent. Avant d'être considéré comme une espèce invasive. Dans les années 1980 et 1990, ce fut la première espèce feuillue plantée en France. Son utilisation à grande échelle a stimulé la recherche sur les sources de semences à utiliser pour la plantation et la sylviculture à appliquer pour l'espèce. La monographie publiée par l'INRA était un effort collectif de synthèse sur les connaissances et les recherches en cours en sylviculture, écologie, physiologie, pathologie et génétique. J'ai contribué à l'édition, à la rédaction, traduit des chapitres de collègues américains et rédigé des articles de recherche que j'ai menés sur Quercus rubra.
Timbal J., Kremer A., Le Goff N., Nepveu G. 1994. Le Chêne rouge d'Amérique . Éditions INRA. 564 p. ISBN: 2-7380-0479-2
Kremer A., Daubree JB, Jung Müller B. Diversité génétique des peuplements introduits de chêne rouge en France. p 25-45
Timbal J., Kremer A. Caractères botaniques, morphologiques, biologiques et chorologiques du Chêne rouge d'Amérique. p 45-53
Kremer A., Daubree J.B. Reproduction sexuée en forêt: régime de reproduction et flux géniques. p 417-425
Kremer A. Programme d'amélioration génétique du Chêne rouge d'Amérique en France. p 424-443
Ce numéro spécial de la Revue Forestière Française est entièrement consacré à l'amélioration des arbres forestiers. Il couvre l'ensemble des activités et recherches développées, allant des aspects théoriques relatifs à la sélection artificielle jusqu'à la production de variétés dans les vergers à graines . Sur le plan théorique, les sujets traités concernent les concepts de génétique quantitative, les stratégies et les méthodes de sélection. Au plan appliqué, les travaux de sélection sont illustrés par des exemples de programmes d'amélioration des arbres des zones tempérées et tropicales. Les articles sont écrits avec un souci de vulgarisation, y compris pour les aspects plus méthodologiques, rendant la revue accessible à un large public.
Kremer A. 1986 Les variation d'expression du génotype (corrélation juvénile-adulte et interaction génotype-environnement). Approche quantitative et explicative. Revue Forestière Française, 38, numéro spécial, p40-48
Kremer A. 1986 Méthodes et stratégies de sélection. Revue Forestière Française, 38, numéro spécial, p89-100
Kremer A. 1986 Chêne rouge d'Amérique. Revue Forestière Française, 38, numéro spécial, p165-167
Voilà comment les éditeurs ont présenté ce livre en 1985. "Dans de nombreuses régions du monde, nous assistons à la mutation de l'arbre forestier en plante cultivée, correspondant à la domestication la plus récente dans le monde végétal. Ce processus de domestication comprend des risques et des erreurs peuvent être commises. Comme on pouvait s'y attendre, les augmentations de productivité chez les arbres ont été importants au début, partant de plantes sauvages. Nous devons être conscients des risques considérables pris pour augmenter les rendements sachant que ces gains ont leur contre partie dans la perte de stabilité écologique ".
J'ai contribué à ce débat en décomposant la croissance en hauteur du pin maritime, contribution essentielle au rendement, en de multiples composantes additives et multiplicatives, pour comprendre l'édification du processus de croissance. Les résultats montrent que les composantes ne contribuent pas indépendamment à la croissance, mais sont sujettes à des compensation entre elles. Une méthode de mesure de la compensation est proposée.
Tigerstedt PMA, Puttonen P., Koski V. (éd.) 1985. Physiologie des arbres forestiers en tant que plantes cultivées (en anglais). Helsinki University Press. 336 pages. ISBN 951-45-3705-X
Kremer A. Composantes de la croissance en hauteur, compensation entre composantes et stabilité saisonnière de l'allongement des pousses chez le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) (en anglais). p203-218
